Vēsturiski Latvijas Zinātnes padome (LZP) bija izveidota ar LR Ministru Padomes 1990.gada 3.jūlija lēmumu Nr.44 „Par Latvijas Zinātnes padomes izveidošanu”, lai demokratizētu zinātniskās darbības vadīšanas sistēmu, celtu zinātniskā darba efektivitāti un nodrošinātu zinātnei no budžeta iedalīto līdzekļu maksimāli efektīvu izlietojumu uz pētījumu projektu konkursa pamata. LZP darbības galvenais mērķis bija sekmēt zinātnes un tehnoloģijas attīstības politikas izstrādi un īstenošanu Latvijā atbilstoši Eiropas Savienības mērķiem un prasībām.
Saskaņā ar Zinātniskās darbības likuma 14. pantu LZP līdz 2020. gada 30. jūnijam bija koleģiāla zinātnieku institūcija, kas bija izveidota kā Izglītības un zinātnes ministrijas pārraudzībā esoša tiešās pārvaldes iestāde. Padomes pilnvaru laiks bija trīs gadi. LZP kā koleģiāla institūcija darbojās, pamatojoties uz Ministru kabineta 2006.gada 9. maija noteikumiem Nr. 383 „Latvijas Zinātnes padomes nolikums“.
Saskaņā ar Ministru kabineta 2020.gada 1.aprīļa rīkojumu Nr.151 “Par Izglītības un zinātnes ministrijas padotībā esošo valsts pārvaldes iestāžu reorganizāciju un likvidāciju” no 2020.gada 1.jūlija apvienotas LZP un Studiju un zinātnes administrācijai piekritīgās zinātnes politikas īstenošanas funkcijas.
Ar 2022.gada 1. janvāri LZP pārņem VIAA Zinātnes un pētniecības politikas atbalsta departamenta, kas sastāv no četrām struktūrvienībām – Pētniecības starptautisko programmu nodaļas, Pētniecības un inovāciju politikas atbalsta nodaļas (LZP sastāvā nodaļas nosaukums – Pēcdoktorantūras programmu nodaļa), Eiropas Ekonomikas zonas un Norvēģijas programmu nodaļas, kā arī programmas Apvārsnis Eiropa Nacionālais kontaktpunkta – funkciju izpildi.