Statuss:
Noslēdzies
Publicēts: 31.03.2021.
Covid-19 seku mazināšanai Valsts pētījumu programma (VPP)
2_klovins.png

Vispārīgā informācija

Sākums 01/07/2020 Noslēgums 31/12/2020 (piešķirts pagarinājums rezultātu nostiprināšanai un publiskošanai līdz 31/03/2021)

  • Projekta numurs

    • Projekta nr. VPP-COVID-2020/1-0016 

  • Finansējums

    • 497 580 EUR

  • Projekta vadītājs

  • Papildu informācija par projektu

  • Projektu realizējošās institūcijas:

    • Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
    • Rīgas Stradiņa universitāte
    • Rīgas Tehniskā universitāte
    • Latvijas Universitāte

Zinātnes nozare

  • Medicīnas bāzes zinātnes, tai skaitā farmācija

Kopsavilkums 

Galvenais šī projekta uzdevums ir izveidot labi strukturētu, drošu un centralizētu biobanku un datu apmaiņas platformu, lai atbalstītu vīrusa izplatības ierobežošanas aktivitātes, jaunu biomarķieru un ārstēšanas stratēģiju izstrādi, un veicinātu starptautisku sadarbību. Projekts būs būtiska daļa no Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” visaptverošā mērķa. Projekta koncepta pamatā ir centralizēta pakalpojumu sniegšana zinātniskajām grupām, kas iesaistītas COVID-19 izpētē, ierobežojot darbību nevajadzīgu pārklāšanos, kas saistīta ar pacientu iesaisti pētījumā, datu un paraugu vākšanu, un analītisko testu veikšanu. Projekta ietvaros tiks sasniegti šādi rezultāti: (1) izveidota biobanka, kas ietver bioloģisko materiālu, klīniskos un antropometriskos datus no lielākās daļas COVID-19 pacientu Latvijā; 2) COVID-19 pacientu standartizētu analīžu, tajā skaitā bioķīmisko, molekulāro un imunoloģisko marķieru, testu rezultāti; (3) izveidota atvērta datu platforma, kas nodrošina nepieciešamos rīkus un piekļuvi visiem ar COVID-19 saistītajiem klīniskajiem un analītiskajiem datiem infekcijas izpētei un veselības aprūpes praksei. Projekta rezultātā tiks nodrošināta tūlītēja un atvērta pieeja visiem resursiem un datiem, kas iegūti un ģenerēti šī projekta laikā. Lai ievērotu atvērtās zinātnes principus – omics dati tiks deponēti publiskajās datu krātuvēs un piedāvāti starptautiskām COVID-19 iniciatīvām. 

Rezultāti

Plānotie 3 raksti ir publicēti augstākas kategorijas žurnālos. Projekts ir veiksmīgi īstenots, un ir sasniegti visi izvirzītie mērķi – tika izveidota nacionālā COVID-19 biobanka ar plašu bioloģisko paraugu klāstu un izstrādāta atvērta datu platforma, kas nodrošina datu glabāšanu un piedāvā lietotājam draudzīgus datu analīzes rīkus. Tika veikta dažādu biomarķieru, ģenētisko, metagenomisko un transkriptomu analīze, kas jau sniegusi sākotnēju ieguldījumu COVID-19 patoloģijas izpratnē. Projekta laikā tika izstrādātas vairākas datubāzes, kas nodrošina datu integrāciju ar starptautiskām platformām. Projekta laikā tika arī apmācīti jauni zinātnieki un izstrādāts maģistra darbs. Projekts ir sniedzis rīcībpolitikas ieteikumus un nodrošinājis nozīmīgu ieguldījumu pētniecības infrastruktūrā.

Informācija par pētniecības projektu

Pētniecības projekta numurs

VPP-COVID-2020/1-0016

Pētniecības projekta nosaukums

COVID-19 saistīto paraugu biobankas un asociēto datu integrētās platformas izveide Latvijā

Zinātnes nozare (pamata)

Medicīnas bāzes zinātnes, tai skaitā farmācija (Primārā nozare)

Rezultāta veids

Rezultāta nosaukums

Oriģināli zinātniskie raksti, kas publicēti žurnālos vai konferenču rakstu krājumos, kuru citēšanas indekss sasniedz vismaz 50 procentus no nozares vidējā citēšanas indeksa
  1. Zrelovs N.; Ustinova M.; Silamikelis I.; Birzniece L.; Megnis K.; Rovite V.; Freimane L.; Silamikele L.; Ansone L.; Pjalkovskis J.; Fridmanis D.; Vilne B.; Priedite M.; Caica A.; Gavars M.; Perminov D.; Storozenko J.; Savicka O.; Dimina E.; Dumpis U.; Klovins J. First Report on the Latvian SARS-CoV-2 Isolate Genetic Diversity, Frontiers in Medicine, 2021, Vol. 8, https://doi.org/10.3389/fmed.2021.626000
  2. Ansone L.; Briviba M.; Silamikelis I.; Terentjeva A.; Perkons I.; Birzniece L.; Rovite V.; Rozentale B.; Viksna L.; Kolesova O.; Klavins K.; Klovins J. Amino Acid Metabolism is Significantly Altered at the Time of Admission in Hospital for Severe COVID-19 Patients: Findings from Longitudinal Targeted Metabolomics Analysis, Microbiology Spectrum, 2021, Vol. 9.3, https://doi.org/10.1128/spectrum.00338-21
  3. Rescenko R.; Peculis R.; Briviba M.; Ansone L.; Terentjeva A.; Litvina H.D.; Birzniece L.; Megnis K.; Kolesova O.; Rozentale B.; Viksna L.; Rovite V.; Klovins J. Replication of LZTFL1 Gene Region as a Susceptibility Locus for COVID-19 in Latvian Population, Virologica Sinica, 2021, 36.5, pp. 1241-1244, https://doi.org/10.1007/s12250-021-00448-x

 

Zinātniskās datubāzes un datu kopas, kas izstrādātas projekta ietvaros
  1. EBI Covid-19 data portal (https://www.covid19dataportal.org/, piekļuves kods: PRJEB40188)
  2. High-throughput data stored in Covid-19 open data platform (RTU HPC, Microsoft Azure, Curator) (https://longenesis.com/curator)
  3. Biobank containing samples of Covid-19 patients
  4. The genotyping data are shared with Covid-19 Host Genetics Initiative (https://www.covid19hg.org/)
  5. The SARS-CoV-2 genome sequences are ulpoaded in GISAID database
  6. The Covid-19 cohort within the biobank is presented in BBMRI-ERIC Directory (https://directory.bbmri-eric.eu/menu/main/app-molgenis-app-biobank-explorer)


Konferenču materiāli – pilna teksta (izņemot SCOPUS un Web of Science Core Collection indeksētos)

 
  1. Zaiga Nora-Krukle, Anda Vilmane, Monta Ustinova, Laura Ansone, Modra Murovska, Janis Klovins/Cytokine storm and Covid-19 severity/Rīga Stradiņš University Research Week 2021, https://dspace.rsu.lv/jspui/bitstream/123456789/3645/1/KUP_2021_Abstracts-Book.pdf

 

Sekmīgi aizstāvēts maģistra un / vai promocijas darbs projekta tematikā
  1. Maģistra darbs: Ansone, L. Izmaiņas stacionētu COVID-19 pacientu asins šūnu gēnu ekspresijas un seruma metaboloma profilos. 08.06.2021. J. Kloviņš, Latvijas Universitāte.

Citi pētniecības specifikai atbilstoši projekta rezultāti (tai skaitā dati), kas papildina iepriekšminētos
  1. Covid-19 open data platform (RTU HPC, Microsoft Azure, Curator) (https://longenesis.com/curator).

Zrelovs, N., Ustinova, M., Silamikelis, I., Birzniece, L., Megnis, K., Rovite, V., Freimane, L., Silamikele, L., Ansone, L., Pjalkovskis, J., Fridmanis, D., Vilne, B., Priedite, M., Caica, A., Gavars, M., Perminov, D., Storozenko, J., Savicka, O., Dimina, E., Dumpis, U., Klovins, J. (2021). First report on the Latvian SARS-CoV-2 isolate genetic diversity. Frontiers in Medicine. https://doi.org/10.3389/fmed.2021.626000

Ansone, L., Ustinova, M., Terentjeva, A., Perkons, I., Birzniece L., Rovite, V., Rozentale, B., Viksna, L., Kolesova, O., Klavins, K., & Klovins J. (2021). Tryptophan and arginine metabolism is significantly 1 altered at the time of admission in hospital for severe COVID-19 patients: findings from longitudinal targeted metabolomics analysis. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.31.21254699

Zrelovs, N., Ustinova, M., Silamikelis, I., Birzniece, L., Megnis, K., Rovite, V., Freimane, L., Silamikele, L., Ansone, L., Pjalkovskis, J., Fridmanis, D., Vilne, B., Priedite, M., Caica, A., Gavars, M., Perminovs, D., Storozenko, J., Savicka, O., Dimina, D., Dumpis U., Klovins, J. (2021). First report on the Latvian SARS-CoV-2 isolate genetic diversity. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.09.08.20190504

Rescenko, R., Peculis, R., Ustinova, M., Ansone, L., Terentjeva, A., Litvina, H. D., Birzniece, L., Megnis, K., Kolesova, O., Rozentale, B., Viksna, L., Rovite, V., Klovins, J. (2021). Replication of LZTFL1 gene region as a susceptibility locus for COVID-19 in Latvian population. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.31.21254708

Projekta ietvaros iegūtie genotipēšanas dati ir kopīgoti Covid-19 host genome iniciatīvas ietvaros: https://www.covid19hg.org/partners/?partner=rec5elQzAvyvsv5EN

Izveidota Covid-19 pacientu un pārslimojušo cilvēku bioloģisko paraugu biobanka: https://www.genomadatubaze.lv/lv/covid-19-kohorta

Projekta ietvaros iegūtie dati ievietoti Eiropas Bioinformātikas institūta (EBI) Covid-19 Datu Portālā: https://www.covid19dataportal.org/sequences?db=embl-covid19 (ID datu atlasei: PRJEB40188)

Lielapjoma sekvencēšanas dati tiek deponēti GISAID: https://www.gisaid.org/

Projekta ietvaros izveidotā Covid-19 pacientu kohorta ir pieejama Biobanku un biomolekulāro resursu pētniecības infrastruktūru brīvpieejas rīkā BBMRI-ERIC Directory: https://directory.bbmri-eric.eu/menu/main/app-molgenis-app-biobank-explorer#/?country=LV

Covid-19 datu pētniecības sistēma (RTU HPC, Microsoft Azure, Curator): https://longenesis.com/curator