Ģenētisko mehānismu identifikācija personām ar izolētu aukslēju šķeltni, izmantojot pilna genoma sekvenēšanu
Sākums: 12/2020 Noslēgums: 12/2021
Projekta numurs
lzp-2020/2-0374
Finansējums
100 389 EUR
Projekta vadītājs
Baiba Lāce
Projektu īsteno
Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
Zinātnes nozare
Medicīnas bāzes zinātnes, tai skaitā farmācija; Bioloģija
Kopsavilkums
Cilvēka sejas ontoģenēze, līdzīgi kā citu orgānu embrioģenēze, ir komplekss mehānisms, kuras traucējumi izraisa iedzimtas anomālijas. Viena no visbiežāk sastopamajām anomālijām ir lūpu un / vai aukslēju šķeltne (CLP). Mutācijas tādos gēnos kā GRHL3, IRF6, MSX1, TBX22 u.c. izraisa sindromiskās CLP formas. Tomēr lielākā daļa orofaciālo šķeltņu ir multifaktoriālas. Lai noskaidrotu CLP cēloni, tika veikti asociācijas pētījumi CLP pacientu-vecāku trio, kā rezultātā pētnieki atklāja vairāk nekā divpadsmit CLP riska lokusus, 20–30 kandidātgēnus un hromosomu kopiju skaita variācijas (CNV). Kopš 2000. gada mēs esam savākuši 175 CLP pacientu-vecāku trio, un veicām asociācijas pētījumus sadarbībā ar Baltijas, Centrāleiropas un Amerikas pētniekiem. Mūsu rezultāti apstiprināja, ka TGFA, IRF6, BCL3, BMP4, FGF1, FOXE1, COL2A1, COL11A2 un TIMP2 gēnu variācijas ir saistītas ar nesindromisku CLP attīstību. Pašreizējā pētījuma mērķis ir veikt pilna genoma sekvenēšanu pacientiem ar izolētu aukslēju šķeltni. Šis pētījums ir ierobežots laikā un resursos, tāpēc izvēlēta ir mazākā un ģenētiski atšķirīgā grupa - izolētas aukslēju šķeltnes pacienti. Mūsu hipotēze ir, ka mēs identificēsim nediagnosticētus zināmus vai nezināmus monogēnus sindromus un CNV, kuriem plānojam veikt ģimenes segregācijas analīzi. Otrā mutāciju atlases kārtā tiks iekļauti zināmie CLP kandidātgēni un riska lokusi. Publiski pieejamie dati kalpos par platformu turpmākajiem projektiem šīs multifaktoriālās patoloģijas izpētē.
Projektu konkurss:
Fundamentālo un lietišķo pētījumu 2020. gada zinātnieku individuālo projektu konkurss